後者を「あたまをすぎる」と読んでしまい、ふいんきみたいな誤用だと思っていた。「よぎる」を変換すると「過ぎる」となり、間違いではないらしい。
それぞれ意味を調べてみると、

すぎる
さらに先へ行く、時が経つ、時刻・期間が終わる、超える
よぎる
目の前を横ぎる、立ち寄る、避ける、さえぎる
となり、読み方を間違えると意味が違ってしまう。辞書が簡単に変換してしまうけど、パッと見て「よぎる」と読める人がどれくらいいるんだろうか。よぎるの方、例文がやたら古めかしいし。
ちなみにIMEでは変換できたけど、携帯では変換できなかった。正しい読み方を知らず、ふいんきみたいに「あたまをすぎる」と間違って覚えてしまう人が増えないといいけど…。知らないのは自分だけだったら泣ける。